引起先天性心脏病的原因很多，目前医学界研究认为可能和母亲怀孕期间的健康和营养状况有关，如：
①母亲在怀孕的最初3个月内患病毒感染，如风疹、流行性腮腺炎、流感等，可能影响胎儿的心脏和大血管的发育，形成先天性心脏病或同时合并有其他方面的畸形。
②母亲怀孕期间患有内分泌疾病;接受放射线的照射;其他药物(如：四环素、土霉素、链霉素等抗生素以及达那唑、乙烯雌酚等激素类药物)、毒物(如：甲醛等)的作用，也可能引起胎儿心血管的畸形。
③高原地区缺氧的环境。如：云南、西藏等高原地区的先天性心脏病发病率明显高于平原地区。
④家族、遗传因素等，也可能是发生的原因。如：马凡氏综合症等。
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